Le règlement intérieur du H3C, adopté par une décision du 23 février 2017, a été publié au journal officiel du mercredi 29 mars 2017.
Ce règlement se divise en 5 chapitres suivants :
- L’organisation du haut conseil,
- La commission mixte paritaire placée auprès du haut conseil,
- Le fonctionnement du haut conseil,
- Les relations européennes et internationales du haut conseil,
- Les dispositions transitoires et finales.